Jedi Fallen Order je smješten nakon Episode III Revenge of Sith. Jedi Padawan Cal Kestis izbjegao je klonski red 66 i sada je u bijegu od Galaktičkog carstva…

a Nakon pokušaja spašavanja razarača zvijezda klase Venator iznad jame Sarlacc, događa se nesreća u kojoj obližnji imperijalni Droid snima Cala kako mora upotrijebiti Silu da spasi svog prijatelja od pada u jamu. Droid prenosi snimke u Carstvo, čime se otkriva pravi identitet Cala.

Stoga Carstvo šalje Second Sister, opakog inkvizitora koji je trenirao samog Darth Vadera, kako bi lovio Padawan i iskorijenio preostale Jedi vitezove.